JasperReports теперь находится на версии 3.5 , поэтому, возможно, стоит проверить, исправили ли изменения в пост 2.0.5 (ваша версия) какие-либо проблемы с потоками. Это, очевидно, не решит вашу текущую производственную проблему, но перестройка с новой версией может.
Сказав все это (и не зная JasperReports), я бы заподозрил клиентский код.