Не уверен, каковы ваши требования, но вы можете установить уровень компилятора для ваших проектов на (более старом) уровне ваших установок Linux. Это заставит Eclipse перекомпилировать его в этой версии вместо новой версии.
В моей компании мы используем IBM Rational Application Developer (вместо чистого Eclipse), но я предполагаю, что опция находится в том же месте. Если вы щелкнете правой кнопкой мыши по своему проекту, вы можете перейти к параметрам компилятора Java и затем установить совместимость на уровне совместимости в Linux (1.3, 1.4 и т. Д.).
Поскольку байт-код компиляции Java должен быть переносимым (по большей части), это поможет вам справиться с большинством ваших проблем.
В противном случае, другой вариант - использовать что-то вроде скриптов Ant или Maven (которые могут быть запущены Eclipse), а затем просто использовать свойство для установки компилятора непосредственно перед его запуском. Таким образом, вам не нужно постоянно переключать свойства в своих проектах, если вам действительно нужен «более новый» скомпилированный код и вы не можете жить с «более старым» кодом в обеих системах.