Оберните ваш сценарий perl в сценарий оболочки, измените каталог из сценария bash перед выполнением сценария perl и создайте исходный код сценария.
Поэтому вместо сценария Perl, например:
#!/usr/bin/perl
# my_program.pl ...
chdir "/my/directory";
...
Используйте, скажем, сценарий bash, например:
#!/usr/bin/bash
cd /my/directory
perl my_program.pl "$@"
и создайте сценарий при его вызове, например
$ source my_bash.sh
или
$ . my_bash.sh
(Теперь вы можете использовать синтаксис heredoc и поместить все это в один скрипт:
#!/usr/bin/bash
cd /my/directory
perl <<EOF
... include your perl script here ...
EOF
Но я не думаю, что вы могли бы использовать @ARGV
переменные)