Вы можете разместить несколько серверов http на одном VPS. Конфликт произойдет, только если оба, nginx и node.js, связаны с одним и тем же портом. Например, если ваш веб-сервер nginx прослушивает порт 80, то ваш http-сервер node.js должен прослушивать не 80, а, скажем, порт 8080. Вы также можете настроить обратный прокси (если вам нужно для абстрагирования вашей внутренней сети и обслуживания клиентов на одном и том же порту), где вы будете принимать входящие соединения через порт 80, а nginx будет пересылать данные, специфичные для node.js, на порт 8080.