Я отвечу корнем на ваш вопрос: «Я пытаюсь выяснить, могу ли я перенести файл с ActionScript в After Effects?»
Нет. Когда Flash экспортирует видео, он экспортирует буквально покадровую анимацию временной шкалы, без сценариев, даже фрагменты роликов на сцене фактически не воспроизводятся, как если бы они выполнялись в работающем SWF. Это связано с тем, что видео - это не запущенная программа, а буквально видео, кадр за кадром, какие пиксели должны отображать какие цвета.
Возможно, именно поэтому вы получаете чистое видео, «перемещение пары кадров вокруг» влечет за собой сокращение основной временной шкалы, чтобы не иметь никакой реальной роли в анимации, возможно, больше полагаться на воспроизведение видеоклипов? Потому что тогда вы точно получите пустое видео.
Если вы хотите, чтобы скриптовая анимация воспринималась как видео, то лучше всего изучить скрипты на основе After Effects, я считаю, что они называются Expressions и основаны на Javascript (так же, как AS2). Если вам нужна анимация реального флэш-файла, вам нужно будет захватывать ее во время воспроизведения на экране, используя программное обеспечение, такое как Camtasia.