Это происходит и в Chrome под Windows.
Я не знаю, как это подтвердить, но я думаю, что вы столкнулись с ошибкой во Flash и / или Chrome. Я думаю, что происходит, что Chrome сообщает плагину Flash, где рисовать, а Flash рисует там. Похоже, что Chrome отображает и заботится только об объектах в текущем виде. При прокрутке вверх или вниз объект Flash больше не отображается в этом представлении и, следовательно, не обновляется, что приводит к его прилипанию к тому месту, где он находился до прокрутки с экрана.
Это поведение можно увидеть, изменив скорость прокрутки и поймав различные части проигрывателя YouTube.
Я не вижу ничего о вашем фрейме или встраивании, которое могло бы вызвать это. Это довольно чисто.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Похоже, что это было определено как ошибка в течение достаточно долгого времени: http://www.google.com/support/forum/p/Chrome/thread?tid=48e7681c989e639d&hl=en