В модели соединения используйте «own_to: модель, зависимая:: уничтожить»
например, если вы хотите уничтожить пациента после того, как его врач уничтожен, и у доктора есть много пациентов, хотя назначения
Class Appointment
belongs_to :doctor
belongs_to :patient, dependent: :destroy
Class Doctor
has_many :appointments, dependent: :destroy
has_many :patients, through: :appointments
Class Patient
has_many :appointments
has_many :doctors, through: :appointments