Почему бы не создать список, который использует приложение Windows, или если вы застряли с помощью приложения-службы Windows, есть файл .config, который использует приложение-служба Windows, и сохраните в нем исходный каталог. используя FileInfo и DirectoryInfo и метод GetAllFiles (), сохраните файлы в List и выполните итерацию List varList = new List (); переменный объект таким образом.
Вы также можете создать веб-службу, и приложение Windows будет использовать эту веб-службу, добавив веб-ссылку так же, как если бы вы хотели добавить ссылку на дополнительную сборку стороннего производителя. Много вариантов у вас есть