Если вы используете какой-то метод Java для доставки файла, то вам нужно немного подождать между отдельными блоками, где вы копируете поток ввода файла в поток вывода сервера.(Не ждите после каждого байта, так как это увеличивает нагрузку на ваш сервер.)
Но убедитесь, что это не приведет к слишком большому количеству потоков, запущенных одновременно на вашем сервере (даже если все они выполняют только ожидание большей частивремя).
Если вы используете Apache httpd для доставки этого файла напрямую, вы должны либо использовать некоторую конфигурацию Apache (как предложено Тимом), либо отключить ее и переключиться на сервлет или аналогичный для его доставки.