Вы можете инициировать новое репо
rm -rf .git
git init
Если вам даже не нужны файлы, просто запустите новое репо.
PS: Возможно, вы захотите объяснить, чего вы действительно хотите достичь и почему, поскольку, возможно, есть лучший способ приблизиться к тому, что вы делаете.