Если взять ваш довольно лаконичный вопрос по номиналу, вы можете использовать ftp-приложение для Windows в системе linux в качестве пользователя, который собирается запустить приложение linux и изменить свои .cshrc или .bashrc, добавив нужные переменные среды скрипт оболочки. Однако это не изменит уже запущенные оболочки.
На абстрактном уровне вы говорите о межпроцессном взаимодействии. У вас есть информация в приложении Windows, с которой вы хотите связаться для связи с каким-либо приложением Linux. Я не уверен, что переменные среды - лучший способ передать эти данные. Возможно, было бы лучше открыть сокет между вашим приложением Windows и приложением Linux.