ИМХО, самое простое решение - просто открыть дамп в обычном текстовом редакторе и скопировать операторы CREATE TABLE ...
в другой файл. Я бы даже не заботился о том, чтобы делать что-то еще.
Если по какой-либо причине это невозможно, вы можете просто создать новый дамп и на этот раз разделить структуру и данные в два файла.
Если это тоже не вариант, вы можете загрузить дамп на локальный сервер MySQL, создать оттуда новый дамп, или использовать инструмент с графическим интерфейсом, например HeidiSQL, для передачи структуры прямо на сервер назначения.