Очевидно, это зависит от того, как php-скрипт был запущен в cronjob, чтобы определить, какой владелец будет установлен по умолчанию для вновь создаваемых файлов.
Сначала я использовал:
/usr/local/bin/php /home/username/public_html/script.php > /home/username/public_html/file.xml 2>&1
Но это создало новые папки с владельцем, установленным в 'username'.
Вместо использования curl:
/usr/bin/curl -s http://domain.com/script.php > /home/username/public_html/file.xml 2>&1
Разрешено создавать новые файлы / папки с владельцем, для которого установлено значение nobody
(UID 99), что, в свою очередь, позволило следующему сценарию без проблем создавать новые папки / файлы в этой папке.