Возможно, проверьте права доступа к файлам для файлов и каталогов в / var / www. Подобно тому, как www-data «должен владеть» выходным каталогом, в который файлы записываются apache, возможно, что права доступа к файлам на файлах веб-страниц также должны принадлежать ... они могут быть недоступны из-за установки пользователем root через sudo. Итак, если / var / www и файлы phpdocumentor, находящиеся в нем, не принадлежат www-данным, попробуйте изменить владельца (sudo chown -R www-data / var / www / PhpDocumentor) и посмотрите, решит ли это это.
Конечно, если вы вообще не видите каталог / var / www / PhpDocumentor, то это проблема ... команда "sudo pear config-set data_dir / var / www", ранее в учебнике, должна иметь удостоверился, что установка помещает туда файлы.