Вы должны иметь возможность изменять .ChromeType свойство веб-части в коде.
Помните, где вы делаете это в жизненном цикле веб-части.
Если вы сделаете это как часть метода Render, будет слишком поздно - хром уже нарисован.
На другом конце шкалы, если вы сделаете это раньше, тогда ваши настройки будут переопределены, когда SharePoint применит настройки из части инструментов.
Посмотрите, как это происходит, например, в событии OnPreRender.