C ++ Mex файл вылетает в Matlab на 64-битной Linux, но не на 32-битных окнах, но программа отлично работает вне Matlab - PullRequest
Новая
       34

C ++ Mex файл вылетает в Matlab на 64-битной Linux, но не на 32-битных окнах, но программа отлично работает вне Matlab

0 голосов
/ 24 ноября 2011

ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ. Код, который я предоставляю в своем вопросе, может привести к сбою matlab И вашей машине !!!

Я написал функцию шлюза mex для класса C ++.Если я скомпилирую эту mex-функцию на 32-битных окнах, используя R2008a, у меня не возникнет проблем.Если я компилирую и запускаю на Matlab R2011a под управлением 64-битного Scientific Linux (версия Red Hat Enterprize Linux), Matlab завершает работу с segfault, когда вызывается мексфункция, хотя, похоже, она работает примерно на полпути через программу.Класс C ++ может быть скомпилирован и запущен (с основной функцией) вне Matlab на обеих платформах без ошибок.Я использую Microsoft Visual C ++ Express Edition на компьютере с Windows и gcc 4.4.5 на компьютере с Linux.

В чем причина этого и можно ли это исправить?

ZIP-файлсодержащий код и файлы данных, необходимые для воспроизведения проблемы, можно загрузить с http://www.see.ed.ac.uk/~s0237326/downloads/mexcrash.zip.. Этот zip-файл содержит исходный код .m и .cpp, а также текстовый файл для тестирования (Temp.fem, 10 КБ).Файл fmeshersetup.m показывает команды, которые я использую для компиляции.Файл Test_mexfmesher.m выполняет функцию mexfunction с соответствующим вводом для тестирования.Функцией mex gateway является mexfmesher.cpp, она вызывает класс fmesher, который состоит из файлов в каталоге fmesher.

Всего имеется 13 исходных файлов C ++, что немного чего-то ожидатьдля отладки, даже конкретная строка, на которой происходит ошибка, будет интересна.

К сожалению, у меня нет доступа к графическому отладчику на 64-битной Linux, который может взаимодействовать с Matlab, и надеялся, что кто-то сразу увидит проблему, или это будет известная проблема.Как уже говорилось, когда программа запускается не как mex-файл, программа работает нормально, поэтому я не могу найти ошибку в другом инструменте, и я не очень знаком с gdb.Я считаю, что проблема может быть связана с вызовами функции C ++ «free».

Ниже приведен след от ошибки: 

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x00007ffff721be36 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwservices.so
(gdb) backtrace
#0  0x00007ffff721be36 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwservices.so
#1  0x00000034daa914f2 in std::basic_ostream<char, std::char_traits<char> >::flush() () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libstdc++.so.6
#2  0x00007ffff72302b0 in ioFlush () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwservices.so
#3  0x00007ffff61303f5 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#4  0x00007ffff61330ec in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#5  0x00007ffff6130c7a in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#6  0x00007ffff6131741 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#7  0x00007ffff618a7d9 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#8  0x00007ffff686d7ef in Mfh_file::dispatch_fh(int, mxArray_tag**, int, mxArray_tag**) () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_dispatcher.so
#9  0x00007ffff61731f0 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#10 0x00007ffff6114975 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#11 0x00007ffff612e96e in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#12 0x00007ffff61330ec in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#13 0x00007ffff6130c7a in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#14 0x00007ffff6131741 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#15 0x00007ffff618a7d9 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#16 0x00007ffff686d7ef in Mfh_file::dispatch_fh(int, mxArray_tag**, int, mxArray_tag**) () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_dispatcher.so
#17 0x00007ffff61669b2 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#18 0x00007ffff6128e13 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#19 0x00007ffff6127eb7 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#20 0x00007ffff6128397 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwm_interpreter.so
#21 0x00007ffff6d378fe in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwbridge.so
#22 0x00007ffff6d384ae in mnParser () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwbridge.so
#23 0x00007ffff6ae0d39 in mcrInstance::mnParser_on_interpreter_thread() () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwmcr.so
#24 0x00007ffff6ac3db2 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwmcr.so
#25 0x00007ffff6ac3ec0 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwmcr.so
#26 0x00007fffee8badb6 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwuix.so
#27 0x00007fffee8c413d in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwuix.so
#28 0x00007fffef3110bd in sysq::during_F<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>, boost::shared_ptr<sysq::ws_ppeHook> > std::for_each<__gnu_cxx::__normal_iterator<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>*, std::vector<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>, std::allocator<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook> > > >, sysq::during_F<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>, boost::shared_ptr<sysq::ws_ppeHook> > >(__gnu_cxx::__normal_iterator<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>*, std::vector<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>, std::allocator<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook> > > >, __gnu_cxx::__normal_iterator<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>*, std::vector<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>, std::allocator<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook> > > >, sysq::during_F<boost::weak_ptr<sysq::ws_ppeHook>, boost::shared_ptr<sysq::ws_ppeHook> >) ()
   from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libuij.so
#29 0x00007fffef312989 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libuij.so
#30 0x00007fffef30f4ae in svWS_ProcessPendingEvents(int, int, bool) () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libuij.so
#31 0x00007ffff6ac21c7 in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwmcr.so
#32 0x00007ffff6ac260a in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwmcr.so
#33 0x00007ffff6ac2d6f in ?? () from /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/../../bin/glnxa64/libmwmcr.so
#34 0x00000034d7a077e1 in start_thread () from /lib64/libpthread.so.0
#35 0x00000034d72e573d in clone () from /lib64/libc.so.6
(gdb) quit

1 Ответ

3 голосов
/ 24 ноября 2011

Вы пытались использовать 'free' для освобождения памяти с помощью указателя, который фактически указывает на NULL. Внимательный программист проверит, так ли это, прежде чем пытаться использовать free. Некоторые библиотеки будут иметь автоматическую проверку для этого.

Причина, по которой вы не заметили этого при компиляции в качестве автономной, может быть связана с тем, что matlab использует свой собственный libstdc ++ (хранящийся в /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/libstdc++.so.6) вместо основной (хранится в /usr/lib/x86_64-linux-gnu/).

Если вы sudoer, вам следует заставить matlab использовать основной libstdc ++, это может решить многие проблемы с mex-файлами: 

cd /opt/matlab-2011a/bin/glnxa64/
sudo mkdir old
sudo mv libstdc++.so.6* old
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 libstdc++.so.6
...