Ну, текстовые файлы с некоторой точки зрения являются сложным зверем: вы не можете удалить строку и переместить следующий текст назад, это поток.
Вместо этого я предлагаю вам рассмотреть вопрос о подходе ввода к выводу.:
1) вы открываете входной файл как текст
2) вы открываете второй файл для вывода, временный файл.
3) вы перебираете все строки вфайл A.
4) если текущая строка содержит нашу строку, не пишите ее.Если текущая строка не содержит нашу строку, мы записываем ее в файл B.
5) вы закрываете файл A, закрываете файл B.
Теперь вы можете добавить несколько шагов.
6) Удалить файл A
7) Переместить файл B в предыдущее местоположение файла A.