Это требует jQuery , но должно работать.
$(document).ready(function()
{
var baseTag= document.createElement('base');
baseTag.target = '_blank';
$("iframe html head").append(baseTag);
});
Если это не так, то вполне возможно, потому что вы не можете получить доступ к содержимому iframe через jQuery. Не уверен, сможете ли вы или нет.