Мы опробовали следующий подход и, похоже, работаем.
1) Нет атрибута схемы в аннотациях @Table
2) создавать различные файлы orm для сущностей, объединенных схемой, в которой они присутствуют.
3) В каждый из файлов orm можно добавить «my_schema».
4) Включите файлы orm в соответствующие PU в файле persistence.xml
5) Если вы хотите, чтобы во время тестов использовались разные базы данных, создайте аналогичные файлы orm для теста, измените значение в схеме соответствующим образом и включите эти файлы orm в отдельный PU
НТН