Я бы предложил вам взглянуть на natbib , который улучшает использование цитирования по сравнению с ванильным LaTeX и позволяет значительно упростить настройку. Чтобы цитаты отображались в верхнем индексе [1] , добавьте параметр super; числа в квадратных скобках активируются numbers и square соответственно, т.е. добавляются
\usepackage[square, numbers, super]{natbib}
в преамбуле вашего документа. Мне также нравится использовать запятые для разделения записей (comma) и активации автоматического сжатия смежных ссылок [1-12,42] (sort&compress).