Лучший способ - не использовать скрипты /etc/init.d/* и использовать старую добрую командную строку.Убедитесь, что mongodb не работает на вашем компьютере.Найдите папку, в которой установлены двоичные файлы, и затем из командной строки запустите:
./mongod --dbpath /path_to_master_db_files --master --logpath /path_to_logs/master.log --port 27017 --fork
Затем откройте другой терминал, перейдите в ту же папку и запустите:
./mongod --dbpath /path_to_slave_db_files --slave --logpath /path_to_logs/slave.log --port 27018 --source=localhost:27017 --fork
И все - у вас должен быть мастер, работающий на 27017, и ведомый, работающий на 27018. Надеюсь, это поможет.
Кстати, я предполагаю, что вы не запускаете эту конфигурацию в рабочей среде, а хотите попробовать ее только на своем локальном экземпляре.