Корпоративное развертывание может решить эту проблему для вас, но, насколько мне известно, Apple не одобрит вас, пока у вас не будет большое количество сотрудников (500+).
Срок действия трехмесячных профилей - только для профилей разработки. Если вы производите специальную сборку, эти профили годны на один год.
Обновление за август 2011: Apple теперь позволяет разработчикам iOS писать собственные приложения для бизнеса. Ваш клиент должен зарегистрироваться в программе массовых закупок, но, вероятно, после этого вы сможете делать приложения доступными только для них, а не для широкой публики через App Store. (Отказ от ответственности: я еще не сделал это сам.)
Более подробная информация на странице Apple о Программе массовых закупок .