Он будет выполнять поиск по всем библиотекам списка, если вы установили:
SPSiteDataQuery query = new SPSiteDataQuery();
query.Webs = "<Webs Scope='SiteCollection' />";
или чтобы получить рекурсивный поиск:
query.Webs = "<Webs Scope='Recursive' />";
, если вы не установите свойство 'Webs'он просто будет искать текущий веб (и список).