Я использую ОАЗИС для этой цели. Хотя изначально он предназначен для работы с Subversion (TortoiseSVN), игнорирование части SVN делает этот инструмент очень полезным и для Mercurial, так почему бы и не использовать Git? Это не бесплатно, но стоит (маленькая) цена.
Короче говоря, OASIS экспортирует и импортирует каждый объект Access в и из файлов (по одному файлу на объект), избегая частично безумной реализации MSSCCI («таблицы и другие объекты»). Имея эти файлы, вы можете использовать любую систему контроля версий, какую пожелаете.