Комментарии, добавленные к отчетам, не будут потеряны при повторном развертывании отчета по этому вопросу: при развертывании отчетов из BIDS некоторая информация сохраняется на сервере. Это не «Удалить», а «загрузить». Сохраненная информация - это настройки безопасности, комментарии, некоторая информация о параметрах, например параметры по умолчанию и подписки.
Кроме этих комментариев, хранящихся в SSRS, нет способа добавить комментарии к отчету перед отображением параметров. Если вам действительно нужно сделать что-то подобное, то вам следует создать интерфейс для сбора параметров самостоятельно, а затем отображать или перенаправлять отчеты.