FlowLayoutPanel предназначен исключительно для макета - он не имеет понятия «выбранный элемент». Возможно, вы сможете добавить некоторую логику в свой UserControl, которая меняет свой цвет при получении фокуса (и снова меняет его, когда теряет фокус), но это не зависит от элемента управления макетом, в котором он находится.