Если у вас есть маска (например, ИСТИНА), в которой вы хотите удалить регион, вы можете сделать:
myImage[myMask] = 0;
Если TRUE, где вы хотите сохранить регион, вы можете сделать:
myImage[~myMask] = 0;
Это то, что вы имеете в виду? (Обновите ваш вопрос небольшим количеством кода, воспроизводящего вашу проблему, и мы сможем лучше адаптировать наши ответы).