Полагаю, это не самое простое решение, но вы можете попробовать это:
sed -n '/<query_[0-9]*>true<\/query/{:a;s/^<query_\([0-9]*\)>.*/\1/;tb;ba;:b;H};${g;s/^\n//;s/\n/,/g};$s/.*/<query>&<\/query>/p' file
Вывод с использованием файла примера - именно то, что вам нужно: