Во втором запросе
`BoatStandardSpecificationItem`.`standard_specification_item_id` = 'StandardSpecificationItem.id'
вы сравниваете BoatStandardSpecificationItem
. standard_specification_item_id
со строкой 'StandardSpecificationItem.id'
В первом запросе
SELECT * FROM
boat_standard_specification_items AS BoatStandardSpecificationItem JOIN standard_specification_items AS StandardSpecificationItem
ON(BoatStandardSpecificationItem.standard_specification_item_id = StandardSpecificationItem .id)
вы сравниваете BoatStandardSpecificationItem
. standard_specification_item_id
с другим столбцом StandardSpecificationItem .id
Совершенно очевидно, что они возвращают разные результаты