Если вы пишете приложение RCP, вы можете контролировать то, что входит в главное меню. Если вы добавляете плагины, которые вы не написали сами, и они используют точки расширения для добавления в главное меню, вы можете использовать Действия / Возможности, чтобы удалить их.
Вы не можете удалить вещи из главного меню программно, если ваш код не внес это.