Вместо того, чтобы просто слепо удалять свойства mergeinfo, также возможно выполнить «пропущенные» слияния.
Скопируйте свойство mergeinfo из корневой папки, а затем выполните объединение дочерней папки для соответствующего относительного пути и точно такого же списка ревизий. (Вы можете, но не обязаны, только перечислять различия между этим списком и списком, который уже находится в дочерней папке.)
Обычно это слияние должно заканчиваться только изменением свойств mergeinfo, а не каких-либо реальных файлов. (Если это приводит к изменению файлов, то одно из предыдущих слияний должно было быть только частичным слиянием, которое в любом случае могло вызывать у вас проблемы.)
Выполнение этого должно привести к тому, что свойство mergeinfo будет удалено для вас, как только вы получите их точно совпадающие. Вам также может понадобиться сделать обратное: объединить в корень любые ревизии слияния, присутствующие только в дочерней папке (опять же, вы можете просто вставить полный список и позволить SVN разобраться, найдя для вас различия).