Вы можете использовать insertBefore , чтобы изменить порядок дочерних элементов.
Вот что вы хотите:
var n = 1;
function myfunc(event)
{
elem = document.getElementById("first");
element = document.createElement("div");
element2 = document.createElement("a");
element2.href = "www.google.com";
element2.innerHTML = "GOOGLE" + n;
element.appendChild(element2);
element.style.position = "relative";
element.style.backgroundColor = "yellow";
element.style.left = "10px";
element.style.top = "30px";
elem.appendChild(element);
children = elem.children;
if(typeof(children) != "undefined" && children.length > 1){
num = children.length - 1;
elem.insertBefore(children[num], children[1]);
}
n++;
}
Ссылка на рабочий образец: http://jsfiddle.net/szNcT/