Либо поместите больше кавычек вокруг пути, либо используйте строку старого стиля для «Program Files» - Progra ~ 1.
На моем компьютере работает следующий пример:
<package>
<job id="truecrypt">
<script language="VBScript">
set WshShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
WshShell.Run """C:\Program Files\TrueCrypt\TrueCrypt.exe""", 0 , false
</script>
</job>
</package>