Лаконично:
UPDATE myTable SET coords = GeometryFromText( CONCAT( 'POINT(', lon, ' ', lat, ')' ) );
Обратите внимание, что ответ от Quassnoi является ошибочным, поскольку правильный формат ввода - POINT (X Y) или в терминах POINT земли (lon lat).
Обратите внимание, что вы можете отображать точки с помощью функций X () и Y (), как показано в следующем примере:
SELECT X( GeometryFromText( CONCAT( 'POINT(', 35, ' ', 60, ')' ) ) ) AS x, Y( GeometryFromText( CONCAT( 'POINT(', 35, ' ', 60, ')' ) ) ) AS y;