.resx файлов - это XML-файлы, хотя и соответствующие определенной схеме (Microsoft ResX Schema v2.0). Эта схема была разработана с явной целью быть легко читаемой человеком и редактируемой вручную.
Я не вижу проблем с хранением ваших данных в виде файлов XML. В основном это зависит от функции данных. Если вы пытаетесь сохранить локализуемые ресурсы, используйте установленные файлы .resx. Если нет, вы можете использовать свой XML с пользовательской схемой.