Вам нужно использовать следующий селектор, чтобы найти флажки:
jQuery(".jqgrow td input", "#glReportCodesGrid").click(function () {
Вам нужно будет вызвать вышеуказанное из одного из событий сетки, которое запускается после инициализации сетки.
Кроме того, вы можете использовать jQuery.delegate для динамического связывания обработчика событий при создании элементов:
jQuery(document).delegate(
'#glReportCodesGrid .jqgrow td input',
'click',
function () { ... });
Вопрос jqgrid-with-an-editable-checkbox-column содержит некоторую связанную информацию, которая может оказаться вам полезной.