Eclipse - это просто интерфейс для GDB.Было бы лучше, если бы вы просто использовали GDB, но если вы настаиваете на IDE, да, вы можете указать Eclipse на свой make-файл, чтобы он мог найти ваши исходные коды, и затем вы можете указать ему отладку исполняемого файла.