просто имел ту же проблему. нашел решение (правильное, без отключения предупреждения):
<Component Id="CCCCCC" Guid="120A49C6-3DB7-467F-A515-0DE9772F3B67" Win64="yes" Directory="LOCALAPPDATA">
<RegistryValue KeyPath="yes" Root="HKCU" Key="SOFTWARE\ACME\Icecream" Name="Installed" Type="integer" Value="1" Action="write" />
<File Id="F_TeaShellconfig" Name="Icecream.config" />
<RemoveFolder Id="RemoveAppData" On="uninstall" />
</Component>
на самом деле, чтобы сделать эту работу, нужно добавить фиктивный ключ reg. как кто-то сказал, разработчики установщика Windows предположительно с другой планеты. Приведенный ниже тег RemoveFolder удаляет следующую ошибку, которая у меня была, она не связана с решением здесь, но часто идет вместе с ней.