Вам, вероятно, нужно привести несколько примеров, чтобы мы 100% были уверены, что мы вас правильно понимаем.
Но да, естественно, ваш XML-сайт должен отражать ваши реальные URL:)
Так что если вместо somedir / index.html вы теперь используете somedir / ваш XML-файл сайта должен отражать это:)