Опция 1 может завершиться ошибкой, если EJB еще не развернут или контекст JNDI недоступен. Может быть проблема переносимости с одного сервера приложений на другой.
Вариант 2 может занять много времени (поиск JNDI) в зависимости от того, как часто вы создаете экземпляр MyPojo.
Другим вариантом может быть использование реализации шаблона синглтона Билла Плаги: http://en.wikipedia.org/wiki/Singleton_pattern#The_solution_of_Bill_Pugh, где Singleton - ваш EJB. Поиск JNDI выполняется только один раз и лениво (при первом вызове).
Обратите внимание, что все эти параметры действительны только для сессионных компонентов без сохранения состояния.