Чтобы иметь возможность использовать классы, хранящиеся в файле jar в вашей программе, этот файл jar должен быть частью пути к классам.
Прочитайте http://en.wikipedia.org/wiki/Classpath для объяснения того, как установить путь к классу.Обратите внимание, что это также верно при компиляции вашей программы.
Предположим, вы находитесь в корне вашего исходного каталога и хотите скомпилировать файл Java и поместить класс в каталог классов:
javac -d ../classes -classpath c:\foo\bar\library1.jar;c:\foo\bar\library2.jar com/foo/bar/HelloWorld.java
Теперь, чтобы запустить ваш класс:
java -classpath ..\classes;c:\foo\bar\library1.jar;c:\foo\bar\library2.jar com.foo.bar.HelloWorld
Когда ваша программа станет больше двух или трех классов, вы, вероятно, захотите использовать инструмент сборки, такой как ant, gradle или maven, для сборки вашего приложения..