Я бы не хотел использовать нативные библиотеки, если это вообще возможно. Конечно, есть лучший способ решить эту проблему для Linux, Windows и Mac OS X.
Извините, вам не повезло. Вам понадобится JNI, и он будет неприятно отличаться для разных платформ. Базовые библиотеки java охватывают универсальные задачи и оборудование. Дисководы компакт-дисков не были и не считаются таковыми.
Вы можете использовать Java Sound API. Я считаю, что это часть Java 5. Это может позволить вам делать то, что вы хотите.
http://java.sun.com/products/java-media/sound/
Вот несколько примеров:
http://www.jsresources.org/examples/