Вы можете захватить (или сформировать вручную) данные и переменные env, которые получает скрипт CGI, затем просто запустить скрипт под вашим любимым отладчиком и передать данные в него.
Чтобы захватить входящие данные, вы можете просто вывести их из сценария в режиме CGI в какой-либо файл журнала, а затем повторно использовать в отладчике в автономном режиме.