Вам необходимо иметь разные ключи проекта в задачах Ant для каждого проекта, , даже если проекты имеют разные имена.
Примеры задач ant используют org.example:example
в качестве ключа проекта, и если вы просто скопировали примеры задач ant, вы, вероятно, используете один и тот же ключ для обоих проектов.
Проверьте здесь: docs.codehaus
<sonar:sonar workingDir="..." serverUrl="...">
<project key="org.example:example" version="0.1-SNAPSHOT">
<property name="sonar.dynamicAnalysis" value="false"/>
<sources>
<path location="..."/>
</sources>
</project>
</sonar:sonar>