Технически использовать Base64 плохо, если это Windows, имена файлов нечувствительны к регистру (по крайней мере, в представлении исследователей) ... но в base64 «a» отличается от «A», это означает, что, возможно, маловероятно, но в итоге вы получите еще более высокий уровень столкновения ..
Лучшей альтернативой является шестнадцатеричный код, такой как класс bitconverter, или, если вы можете использовать кодировку base32 (которая после удаления заполнения и из base64 и base32, и в случае 128bit даст вам имена файлов одинаковой длины).