Как крайняя точка зрения: если весь пользовательский код больше нельзя использовать где-либо еще, то в какой-то момент вы не сможете продолжать свой бизнес, не нарушив этого правила.
Как противоположная крайность: если весь заказной код окажется в общем продукте, то ни один клиент больше не будет предоставлять вам свои специфические проблемы.
Конечно, обе точки зрения весьма экстремальны и, по моему мнению, вряд ли произойдут в такой степени.
Лично я бы очень четко заявил новому клиенту, что в целом весь (пользовательский) код может использоваться в других продуктах и проектах, если только заранее не оговорено, что это не следует делать для определенных частей кода. Тогда, если им действительно важно, чтобы некоторые детали оставались за закрытыми дверями, они сообщат вам.