Я только что наткнулся на эту проблему. Затем я попытался выполнить обратное слияние с subclipse и оказался в аду синхронизации. : -)
В Eclipse «заменить на» ваш друг здесь! Просто щелкните правой кнопкой мыши папку в проводнике пакетов, щелкните правой кнопкой мыши и выберите «Заменить на ...» -> «Редакция или URL», и Eclipse сделает то, что вы хотите. После этого вы должны сделать коммит.