Создайте автономный JAR-файл из проекта Eclipse, как упомянуто Mikera, или вам нужно перефакторировать код так, чтобы он не зависел от библиотек Eclipse.
Нет смысла создавать Java-приложение, которое зависит от определенных IDE или платформ. Java-код должен быть независимым (поэтому он может работать на любой платформе, на которой установлена JVM.
Попробуйте удалить зависимость из вашего проекта в библиотеки Eclipse. Посмотрите, можете ли вы симулировать то же самое, используя стандартные библиотеки Java. Если нет, попробуйте создать JAR для вашего проекта из Eclipse. Если ничего не получается, попробуйте поискать сторонние API.