<?php
интерпретируется интерпретатором php. Если у вас нет этого блока в реальном файле php, то это означает, что вы выполняете в контексте браузера. Браузер не знает о php, только ваш веб-сервер. Таким образом, браузер будет интерпретировать <?php
как элемент HTML, который не существует.
Вам нужно переместить весь блок в файл php, например:
myFile.php
==========
<?php
$arr = array(...);
$arrLen = count($arr);
$output = '<script type="text/javascript">';
for ($i=0; $i<$arrLen; $i++) { // notice this is in php, not js
$output .= '$("#one"'.$i.').html("'.$arr[$i][0].'");';
$output .= '$("#two"'.$i.').html("'.$arr[$i][1].'");';
}
$output .= '</script>';
echo $output;
?>