Если этот определенный продукт внешнего сервера является сервером Java, вы сможете отлаживать код, выполняющийся в нем, с помощью стандартной удаленной отладки Java.
В Eclipse откройте конфигурации отладки и добавьте новую конфигурацию типа «Удаленное приложение Java» и введите имя хоста сервера и порт, который слушает удаленный отладчик.
В сценарии запуска сервера может потребоваться добавить дополнительную опцию Java, чтобы включить удаленную отладку для JVM и указать порт. Примерно так (выдержка из файла конфигурации запуска JBoss):
# Sample JPDA settings for remote socket debugging
JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8787,server=y,suspend=n"
(адрес - 8787 в данном случае - это порт для подключения)